붙여넣기 시 필터에 의해 콘텐츠를 변경하는 것으로 보입니다.
http://docs.ckeditor.com/#!/api/CKEDITOR.config-cfg-pasteFilter

common/js/plugins/ckeditor/ckeditor/config.js 파일을 생성하여 이 설정을 변경할 수 있습니다

CKEDITOR.editorConfig = function( config ) {
    config.pasteFilter = null;
};